雖然生態理念在現今各個鄰域都得到了廣泛的運用，但在水利方面的運用還存在諸多不足，究其主要原因有以下方面。

1、水利設計人員生態理念不足 

水利工程的目的就是為滿足人們正常的工作和生活需求，盡可能地提供較為便捷的供給現今，多數的水利設計人員一般都將水利工程建設作為首要目標，而忽視了水利工程建設施工中對生態環境的破壞和不良影響，往往會導致水利工程建成后對周圍環境影響過大，不得不采取后續補救環境的措施，不僅對生態環境有影響，還有可能因為環境的破壞給水利工程帶來阻礙。 

2、 水文資料的問題 

水文資料是對當地生態環境系統的一個記載，其能夠以資料的形式將當地的生態環境特點充分的展現給水利設計工作者。水利設計需要的水文資料在系統性、科學性、合理性、全面性方面尚現不足，要想將生態理念應用到水利設計中，首先需要客觀、全面、科學、系統地認識和了解水利工程施工地點以及周邊的水文狀況，這樣才可以因地制宜進行水利設計，促使其更加科學和合理建設水利工程，才可以符合生態理念的要求。